1945（昭和20）年4月正值第二次世界大戰末期，美軍登陸沖繩，隨著激烈地展開了陸戰。當時徵召了沖繩縣内21所男子及女子中學的學生送往戰場。女學生的年紀由15歲至19歲不等，主要負責陸軍醫院等之看護工作。男學生則由14歲至19歲不等，高年級學生被編入「鐵血勤皇隊」（負責物資的運送及修橋等工作），低年級學生被列入「通信隊」（負責電線的修護及配送電報等工作）。
位置相當於現在的那霸市安里之沖繩師範學校女子部和沖繩縣立第一高等女子學校共有222名學生及18名教師被動員到位於當今的南風原町之沖繩陸軍醫院。其中136名喪生於戰場。兩校經動員之師生在戰後被人們稱呼為「姬百合學生隊」。

沖繩師範學校女子部是專門培養教師的學校，學習年限為預科3年加上本科兩年之5年制。入學方式可在國小或國小高等科畢業以後參加考試通過後進入該校預科班，亦可在一般高等女子學校畢業以後，參加考試進入本科班。
沖繩縣立第一高等女子學校則是以「培養有聰明才智，教養深厚的女性」為目標所創辦的學校。學習年限為4年。國小畢業以後經由考試及格入學。
以上兩校在1916（大正5）年基於財務因素合併為一，之後校園設施共有，並在教師的共同指導下結為姊妹校。約8,000坪的佔地面積上設有禮堂、體育館、 圖書館、 農場、 同窗會館、 宿舍、 還有全沖繩獨一無二的游泳池。兩校集結了縣內精英，學生們突破考試難關，原本可在優良的環境中過著充滿歡笑的校園生活。然而一場沖繩戰的爆發，在美軍的襲擊下，學校盡被燒毀，迫得停辦。

·「姬百合」之名的由來
沖繩師範學校女子部和沖繩縣立第一高等女子學校原本各有各的校友會刊，第一高女的校友會刊名為「乙姬」；師範學校的校友會刊名則是「白百合」。隨著兩校的並置，校友會刊也就合而為一。再將兩部會刊之刊名加以合併，於是誕生了「姬百合」之新刊名。「姬百合」之名以平假名「ひめゆり」來表示是在戰後的事了

終戰後第二年之1946年1月，在美軍的命令下，原定居於真和志村（現在的那霸市真和志地區）的居民被迫遷移至現在的糸満市米須地區。當時的真和志村長金城和信氏是姬百合學生的遺族。真和志村的村民在金城氏的號召下開始收集遺骨，2月裡並建造了「魂魄之塔」以安置遺骨。此為戰後首座之慰靈塔。
同年4月5日，真和志村民又在伊原第三外科壕上建造了「姬百合之塔」，以紀念沖繩戰末期在此受美軍攻擊而喪生之姬百合學生及陸軍醫院相關工作人員。4月7日正當完工後的第二天，即舉行了第一次慰靈祭，由學生隊的率隊老師仲宗根政善先生在靈前帶頭詠唱：「頭顱枕靠在岩石上，又粗又硬，但願無苦無憂得安眠，我們的同學們呀!」。4月9日在摩文仁又建造了「健兒之塔」以追悼戰亡之男學生。從此，「魂魄之塔」、「姬百合之塔」和「健兒之塔」三座塔一併象徵著對和平永無止境的追求。

女師·一高女兩校在沖繩戰的破壞之下，雖慘遭停校的命運，但校友們在戰後不久便組織了同窗會。同窗會的名稱採用戰前之校友會刊名，取為「姬百合同窗會」。同窗會被認定為財團法人組織是在戰後沖繩生活形態開始恢復穩定之1960年了。而後，便以「財團法人沖繩女師·一高女姬百合同窗會」之名義進行各項活動。
其中最大的功業可說是「姬百合同窗會獎學基金」的設立及「姬百合和平祈念資料館」的創立。獎學基金由設立以來至2010年的27年間已經頒給了29位女學生。姬百合和平祈念資料館也在開館以來為傳播和平的訊息，積極地推動各項活動。

姬百合同窗會為實現建設資料館以收藏·展示姬百合學生隊相關資料，並將戰爭的慘痛經歷傳授給下一代，在1983年1月成立了資料館籌備會。經過了場地的選定，募款活動，及展示內容的決定等各項準備工作，1989年6月23日「姬百合和平祈念資料館」終於開館於姬百合之塔的鄰地。其首任館長是由戰時的領隊教師仲宗根政善先生所擔任。
資料館的建築是模仿當時之女師·一高女的校園所建造而成的。此外，在中庭裡的美麗花園是為了獻給在戰場上失去寶貴生命之少女們的靈魂。
在戰爭經驗者的逐年減少中，為了要讓年輕的世代更能了解戰爭的真相，本館於2004年將館內的展示實施全面的改裝。另外為了營造一個將我們對和平的期盼與未來相連接的據點，本館又增建了「第6展示室 邁向和平的廣場」

·1896年
　設立女子講習科（之後的沖繩師範學校女子部：通稱為女師）於首里的師範學校裡。
·1900年
　設立私立沖繩高等女子學校（之後的沖繩縣立第一高等女子學校：通稱為一高女）。
·1916年
　女師和一高女兩校合併。
·1927年
　女師和一高女的校友會刊合併，以「姬百合」之名發行。
·1945年
　沖繩戰
　沖繩師範學校女子部和沖繩縣立第一高等女子學校因沖繩戰而化為灰燼，被迫停校。
·1946年
　建立「姬百合之塔」。舉行第一次姬百合之塔慰靈祭。
　為仲宗根政善詠唱之「岩石枕」短詩立碑。
·1948年
　再組「姬百合同窗會」。同窗會員開始為取得同窗會館的建地而努力。
·1951年
　夏威夷之沖繩第二代儀間真一氏寄贈姬百合之塔的購買基金。
　仲宗根政善編著之『沖繩的悲劇－手記：記憶中的姬百合學生』發行。
·1953年
　「姬百合之塔」電影上映。
·1960年
　以「沖繩縣女師·一高女姬百合同窗會」之名義申請為財團法人組織，受到認可。
·1968年
　建立同窗會館。
·1972年
　回歸日本。
·1982年
　姬百合同窗會總會決定建蓋「姬百合紀念館」。
·1983年
　設立「姬百合同窗會獎學基金」，並將基金委託沖繩縣人才育成財團管理。
·1989年
　姬百合和平祈念資料館開館。
·1990年
　舉辦開館一周年紀念：「姬百合的青春展」。
·1991年
　舉辦開館兩週年活動：「巡訪戰跡―姬百合學生隊的足跡」。（之後每週年舉辦，共持續了6次）
·1994年
　舉辦開館5週年座談會：「如何將和平的理念傳承給下一代」。
　製作及上映開館5週年影片：「對和平的祈求―姬百合學生的證言」。
·1995年
　終戰50年。
　仲宗根政善館長逝去。
　已故50年之姬百合學生的靈前祭拜。
·1999年
　舉辦開館10週年紀念活動：「和平祈念音樂會」。
　舉辦開館10週年紀念特展：「沖繩戰之全體學生」。
·2001年
　舉辦企劃展：「仲宗根政善―靈魂淨化的人生」
·2002年
　設立「女師·一高女跡」之碑。
·2003年
　舉辦企劃展：「姬百合學生之戰後」。
·2004年
　展示全面改裝。
·2005年
　舉辦企劃展：「沖繩陸軍醫院護士們的沖繩戰」。
　舉辦戰後60年 朗讀「對和平的祈求~來自姬百合的信息」。