●1990年6月1日―2004年3月まで常設

　ひめゆり学徒が戦場に動員される前の学園生活の様子を伝える企画展。参観者からの、「なぜ戦争に参加したのか」「なぜいやといわなかったのか」といった問いかけに応えようと企画された。スナップ写真や、亡くなった友の手紙、小学校の国定教科書などによって、戦場前の学園が軍事化、皇民化していく様子を伝えた。

●1999年6月20日―7月4日

　沖縄戦に動員された沖縄県下の全ての学徒隊を取り上げた企画展。戦前の各中等学校の紹介、軍事化していく学校の様子、沖縄戦での各学徒の足跡などをパネルや証言ビデオによって展示した。開催期間中、各学徒隊生存者の方に交代で当時の様子を説明していただいた。

●2001年8月1日―8月15日

　ひめゆり学徒の引率教師であり、当館の初代館長となった仲宗根政善の生涯を追った企画展。仲宗根は戦場に教え子を引率したことへの深い後悔から、戦後、一貫して平和を求める運動に関わった。また、戦後沖縄の教育復興に関わり、言語学者として「今帰仁方言事典」を編纂するなど大きな功績を残した。沖縄の近代を語るうえでも欠かせない仲宗根の生涯を、遺品やビデオなどによって紹介した。

●2003年8月15日―8月30日

　戦場を生き延びたひめゆり学徒が、戦後の沖縄をどう生きてきたかを振り返る企画展。ひめゆり学徒の生存者が戦後抱いた思いや、二度と同じ体験を繰り返さないようにと、戦争体験を語り始めた経緯、平和を訴える資料館づくりの活動の様子など、展示や実物資料、映像を通して紹介した。

●2005年8月1日―9月30日まで

　ひめゆり学徒が動員された沖縄陸軍病院の軍医・衛生兵・看護婦にスポットを当てた企画展。ひめゆり学徒と同じ戦場にいた軍医・衛生兵・看護婦の、医療人として体験した沖縄戦を、証言や実物資料などを通して紹介した。

●2009年6月1日－2010年3月31日まで

　当館を設立したひめゆり同窓会の母校である沖縄師範学校女子部と沖縄県立第一高等女学校（ひめゆり学園）の歴史を振り返る企画展。学籍簿（現在の通知表）や校章などの実物史料のほか、当時の制服の複製やキャンパス風景を再現した模型、10分間のガイダンスビデオなどの展示を通し、設立から沖縄戦による廃校までの、ひめゆり学園の歩みを紹介した。

●2010年4月1日－2010年12月26日まで

　戦後65周年の節目に、全国5カ所（愛知県、長野県、三重県、茨城県、大阪府）の会場で開催された当館初の県外巡回展。朝日新聞社及び各開催館（高浜市やきものの里かわら美術館、長野県立歴史館、四日市市立博物館、水戸市立博物館、大阪人権博物館）との共催。開催期間中にひめゆり学徒隊生存者である「証言員」による平和講演会も開催し、多くの方々に平和へのメッセージを発信した。

●2010年6月23日－2011年1月3日まで

　当館では、ひめゆり学徒隊のことを子供たちにもわかりやすく伝えるために、ひめゆり学徒隊のアニメを制作しようと取り組んでいる。2008年1月から6月までの約半年間で原画作者の公募を行い、県内外より20組、191点の作品が集まった。その集まった作品を展示し、「ひめゆり・アニメプロジェクト」公募作品展を開催した。